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薬剤師の現状で最も影響があったのは医薬分業の進展でしょう。1974年に1％未満だった全国平均の処方箋受け取り率は、2002年には50％を超え、2006年には58.3％になりました。
医薬分業の進展は、多くの調剤薬局の増加にも拍車をかけました。その結果、現在は年間約8000人の薬剤師国家試験合格者のうち、4割強（2008年3月新卒者）が病院・薬局に就職しているといわれていますが、薬局・ドラッグストアーの増加に追いつかず、薬剤師確保が非常に難しくなっています。
現在、薬剤師不足は薬局経営者にとって、もっとも大きな問題になっています。

薬学部を持つ大学は2002年まで46校（うち国公立17校）でした。しかし、政府による規制緩和の一環として学校教育法などが改正され、大学や学部の設置許可が受けやすくなったことにより、2003年以降、薬学部の新設が急速に進みました。新設校は2003年が2校、2004年が8校、2005年が6校、2006年が5校、2007年が5校、2008年が2校でトータル74校になりました。
2009年は6年ぶりに薬学部新設はありませんでしたが、2010年にはつくば薬科大学（茨木県）の開校が予定されています。

今まで、毎年9000人だった薬学部の卒業生は、2012年以降、1万4000人になります。医薬分業の高度成長記も終わり、ドラッグストアーにおいて、登録販売者が大部分の薬を販売できるようになった現在、薬剤師国家試験が現在と同じ合格率で移行すれば、10年後には1～2割の薬剤師が失業しているであろうといわれています。
今までのように、薬剤師ライセンスがあれば、一定の報酬が保証される時代は終わりをつげ、積極的に在宅医療に取り組み、なおかつ、外来患者のハートをつかむ服薬指導のできる薬剤師が求められる時代になっていくでしょう。